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(1)医学方医学统计学公开课石小白老师教您轻


发布时间:2018-09-26 22:12    来源:未知    阅读次数:()

  原标题:MIMIC-III公共数据库使用专题(六)--病人人口学信息及院内周转信息

  大家好,我是ANGUS,在上一专题我们已经建好了MIMIC数据库,并在之前对26张表格有了一个初步的了解。

  那么当我们真正开始提取数据的时候,首先要知道每张表格里究竟有什么,以及如何将各个表格的数据组合起来。

  原本想直接上实操,但不把各个表格内容和联系给你们捋顺了到时你们可能会完全混乱掉。所以还是老老实实地给你们介绍一下表格。因表格信息较多,我们将分开几次来讲。

  有部分同学可能会想知道,同样是数据库管理软件,PostgreSQL不是自带了pgAdmin吗,为什么我们要用Navicat这款商业软件呀?

  先说明,此处没有收取Navicat的广告费,纯粹讲一下使用心得。

  ④唯一的缺点应该就是价格了,国内Premium版价格是RMB6499,但如果购买非商业使用版Premium版序列号只要US$ 399.00,按现在的汇率约RMB2700,便宜了一半还多。相信大家课题经费还是有的

  ⑵打开Navicat,依次点击左上角的“文件”→“新建连接”→“PostgreSQL”打开连接数据库的窗口。

  连接名:输入你喜欢的连接名,这里各位随意,我这里填的 是“PostgreSQL”

  主机名或IP地址:默认已填入“localhost”,如无更改则不改动

  在“设置位置”一行最右边点击“…”选择数据库位置,选择之前的设置位置:E:DATA

  显示“连接成功”的窗口则成功连接数据库。依次点击窗口的“确定”和“连接测试”旁的“确定”完成数据库导入。

  依次双击“PostgreSQL”→“mimic”→“mimiciii”→“表”,这样我们就可以看到之前导入的二十多个表格了,大家可以双击打开看看。

  这里说明一下,为方便大家使用,我在每个表格介绍结尾会放上表格参数属性,我们后面部分操作会用到。

  ROW_ID:行号,这个是和Excel里行号是一个性质,我们基本用不到,不用去理他

  SUBJECT_ID:这个表示病人标识码,每一位病人对应唯一的标识码,可以理解为国内医院的住院号

  HADM_ID:这个对应于病人的每一次住院标识码,可以理解为国内医院病人每次住院的病案号

  ADMITTIME:病人入院时间,精确到分钟,这里请注意MIMIC数据库里的年份信息为保护患者信息都是经过随意转换的,仅可计算相对时间

  DEATHTIME:病人如在住院期间死亡,则显示具体死亡时间,精确到分钟,如住院期间无死亡事件发生,则为NULL

  DIAGNOSIS:初步诊断,注意初步诊断不提供ICD9码,而且写得相对随意

  DOB:患者出生日期,对于年龄大于89岁的病人,将出生日期由入院日期向前调整300年,这部分患者年龄中位数为91.4。其余病人随机调整

  这个表格个人用的很少,因为国内病人出科基本都是联系好床位,办好出科文书,护士进一步办理出科手续,叫工友运送,很少会去考虑在这里能挖出什么宝来。但MIMIC既然给了这么详细的出科经过,我们也来看看老外的出科流程。

  先说明一下,因为Beth Israel医院有经过搬迁,同一个科室代码可能会出现表示科室前后不一致的情况。

  CURR_CAREUNIT:提交CALLOUT申请时患者所在监护室类型,具体缩写表示下面在TRANSFERS表内会介绍

  CALLOUT_SERVICE:出科病人需接受或继续接受的治疗服务,具体英文缩写表示什么,我后续会在SERVICES表中解释

  REQUEST_RESP:需对呼吸道采取预防或保护措施,不特指病原体

  REQUEST_MRSA:耐甲氧西林金葡菌定植病人,请采取预防措施

  REQUEST_VRE:耐万古霉素肠球菌定植病人,请采取预防措施

  DISCHARGE_WARDID:患者出科时的最终科室代码,需注意当显示为0时表示在家中

  FIRST_CAREUNIT:患者入住监护室24小时内的首个监护室类别

  LAST_CAREUNIT:患者入住监护室24小时内的最终监护室类别,出现24小时内监护室类别主要是因为有的病人可能一开始收住的A监护室,但随后根据病情需要又转至了B监护室

  看到这张表是不是感觉很熟悉,上面的ICUSTAYS就是从这张表里提取的,并删除了没有ICUSTAY_ID的部分。

  PREV_CAREUNIT:患者前次所在监护室类型,如不是监护室则显示NULL

  CURR_CAREUNIT:患者当前所在监护室类型,如不是监护室则显示NULL

  PREV_WARDID:患者前次所在科室代码,如不是科室则显示NULL

  CURR_WARDID:患者当前所在科室代码,如不是科室则显示NULL

  PSURG:整形治疗——主要为人体的修复或重建(包括以美容或美学为目的的)

  PSYCH:精神卫生治疗——主要指与情绪、行为、认知或认知相关的精神障碍

  TRAUM:创伤外科治疗——由外来物理因素造成的身体伤害或损坏

  至此,我们对于病人人口学信息及院内周转信息的6张表格内容就已经有有了总体的理解了,下个专题我们将进一步了解剩余的MIMIC表格的各类信息。

  对于Navicat软件,部分同学实在买不齐,又找不到和谐文件的,我这两天会在群里再次分享一次。

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